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1、 社会因素：对生活工作节奏加快，信息爆炸等处理不善，都容易引起亚健康；社会关系处理不好，缺乏生活中的情感交流，不适应工业化程度提高带来的紧张，交通拥挤，住房密集等容易带来紧张感，造成压力，久而久之就会导致亚健康。
2、 心理因素：精神疾患几率较高，据统计来看，亚健康同时患有抑郁症占了47%，同时患焦虑症占32%，躯体化障碍的15%。亚健康的人同时符合一个或多个精神疾患的72%。有调查说明大概有20-30%的大中小学生都存在不同程度的心理问题。现在有40%家庭有或多或少的教育问题，会对孩子产生不良影响，处理不当容易导致亚健康的发生。
3、 生物因素：有人提出病毒会引起亚健康。有趣的事实是许多亚健康人群的非洲淋巴瘤相关病毒含量比较高，通过查病毒抗体可以看出。另外还有疱疹、巨细胞、肠道病毒等，由于这些病毒会损伤免疫系统引发疲劳，容易导致亚健康。此外，内分泌失调学说中有些研究表明一些慢性疲劳综合征（CFS）者脑内五羟色胺有活性的增加，五羟色胺是与睡眠和疲劳有关的。另外还有代谢异常，如一些日本和英国科学家发现体内色氨酸的增加能转换成调节睡眠和疲劳的物质，使人容易疲劳。免疫学异常学说，有1/3-1/4的亚健康患者血液中免疫复合物水平升高，也有细胞免疫情况的异常。所以亚健康被看作是神经、内分泌、免疫系统信息传递有缺陷所导致的状态。
4、 生活因素：吸烟，尼古丁虽然可以使大脑兴奋，但平衡受到破坏，尼古丁会损伤大脑细胞，出现头晕、头疼、记忆力下降等症状。酗酒，酒精是神经抑制剂，世界卫生组织报告酗酒者的死亡率高出普通人群1-3倍，酗酒者发病率较普通人群高出20-30%，而严重酗酒者发病率较普通人群高出50%。酒精肝，肝硬化是25-60岁组男性的主要死亡原因之一。膳食不平衡，有调查显示，由于营养过剩导致的45岁以上妇女体重超标在北京市市区占到了50%，而儿童群体中，体重超标占儿童总数5%，高出几十年前很多。有关人士预测，如果不采取科学的营养措施，到2025年时，中国心血管疾病引发的死亡人数将是现在死亡人数的3倍，癌症将是2.6倍。运动不足也会引起亚健康，另外睡眠不足也会导致亚健康。睡眠可以是机体分泌很多激素，而长期睡眠减少会抑制心血管系统的活动，对身体健康不利。
5、 环境因素：污染
水源污染，现在农村的饮用水合格率只有六成不到，中国有22%的人引用的水水质污染都比较严重，细菌超标76%。引用有有机物污染的人口统计下来有1.6亿。
在我国已经被检测的河流中大概有八百五十多条已被污染，如果不控制，干净水源可能绝迹。水源污染轻的可能导致亚健康，重的可能危害生命。
空气污染：空气中排放的污染气体，汽车尾气、工业废气，铅、铜、硝酸盐、游离机等等，都会危害人类健康。室内空气污染，现代化装饰室内环境污染比室外还严重，生活用品、洗衣粉、清洁剂、地板蜡、化妆品、合成机、化纤等不断发出一氧化碳、甲醇、乙醇等气体，污染程度比室外高出10-100倍。
噪音污染：头痛、精神不集中、情绪反常等。
电磁波辐射：头痛、恶心、眩晕、视力下降、记忆力衰退等。白血病，脑肿瘤等。
综上，引起亚健康的因素有饮食营养，如饥饿、低血糖、营养不良、暴饮暴食、营养过剩、微量元素缺乏、脱水等；物理化学因素，环境、大气、水、噪音、电磁波、高温高压、低压、寒冷等；生物学因素，细菌、病毒、真菌、寄生虫感染、与昆虫或有毒物质的接触等；内分泌因素，青春期、更年期、功能紊乱等；自身躯体因素，肥胖、消瘦、睡眠不足、缺氧、缺乏锻炼等；生活行为因素，吸烟、酗酒、吸毒、药物依赖等；精神心理因素，生活突发事件刺激、人文环境突然变化、人格缺陷、人际关系紧张、经济压力大等；社会环境因素，宗教文化、社会习俗、经济危机、失业等等。
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